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Die Zentralstelle hatte Ende 1958 zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen ihre Tätigkeit als gemeinschaftliche Einrichtung aller Landesjustizverwaltungen der Bundesrepublik Deutschland aufgenommen.
Die Zentralstelle war zunächst nur für Taten außerhalb des Bundesgebiets zuständig, die im Zusammenhang mit den Kriegsereignissen gegenüber der Zivilbevölkerung begangen worden waren, daneben insbesondere für Taten in Konzentrationslagern. Ab 1964 wurde die Zuständigkeit auch auf das Bundesgebiet erweitert, mit der Folge von Vorermittlungen auch gegen Angehörige der obersten Reichsbehörden.
Seit der Gründung wurden 7.694 Vorermittlungen geführt, die zu 18.688 Verfahren wegen nationalsozialistischer Verbrechen durch Staatsanwaltschaften und Gerichte in der Bundesrepublik Deutschland führten.
Hinzu kommen Verwaltungsvorgänge und sog. Überprüfungsvorgänge, die sich häufig mit der Sichtung weiterer – insbesondere ausländischer – Archivbestände befassen. Die Zentralstelle hat bislang rund 118.800 dieser Vorgänge sowie Auskünfte bearbeitet.
Eine Zentralkartei umfasst rund 1,77 Millionen Karteikarten mit Angaben zu Personen, Tatorte und Einheiten. Dabei sind mehr als 700.000 Namen von Beschuldigten oder Zeugen sowie mehr als 28.000 Tatorte vom Atlantik bis zum Kaukasus enthalten.
Eine gesonderte Dokumentensammlung enthält über 558.300 Kopien, deren Auffinden mit Hilfe von rund 163.000 Karteikarten erfolgt, auf denen auch der Verbleib der Originaldokumente festgehalten ist.
